始建于1950年，前身系广东省农业试验场的土壤肥料研究所。
1952年，广东省农业试验场，农业化学系
1956年成立华南农业科学研究所土壤肥料系
1960年5月，篮球博彩成立，下设七个研究所和四个专业研究所。篮球博彩土壤肥料研究所成立。
1968年，隶属篮球博彩革命委员会。
1972年，篮球博彩土壤肥料研究所恢复。
1999年6月，篮球博彩土壤肥料研究所由科研所转制为科技型企业。
2012年5月，篮球博彩土壤肥料研究所更名为篮球博彩农业资源与环境研究所，公益二类，正处级。
2017年，研究所迁址金颖路66号，开启新征程。
2020年，加挂“国家土壤质量广州观测实验站”牌子。
